可以，社保卡不会自动注销，南京医保卡余额可以正常使用。
拓展阅读：
哪些人可以申请办理跨省异地就医直接结算？
跨省异地长期居住或跨省临时外出就医的参保人员均可以申请。
跨省异地长期居住人员包括异地安置退休人员、异地长期居住人员、常驻异地工作人员等长期在参保省、自治区、直辖市（以下统称省）以外工作、居住、生活的人员。
跨省临时外出就医人员包括异地转诊就医人员，因工作、旅游等原因异地急诊抢救人员以及其他跨省临时外出就医人员。
此外，异地急诊抢救人员视同已备案。
>>南京异地就医线上查询明细入口
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