烟台海岸带所现有中国科学院海岸带环境过程与生态修复重点实验室、山东省海岸带环境过程与生态安全重点实验室、山东省海岸带环境工程技术研究中心、海岸带生态环境监测技术与装备山东省工程研究中心、烟台市海洋生态环境核安全保障重点实验室、烟台市扇贝育种重点实验室；下设海岸带环境过程与生态修复研究室、海岸带信息集成与综合管理研究室、海岸带生物学与资源利用研究室。研究所还拥有中国科学院牟平海岸带环境综合试验站、中国科学院黄河三角洲滨海湿地生态试验站、黄河三角洲盐碱地农田生态系统观测研究站、长岛温带群岛生态系统野外观测研究站（筹）、500吨级“创新一”科学考察船等科研平台。烟台海岸带所为中国海洋工程咨询协会海岸科学与工程分会、中国太平洋学会海岸管理科学分会、中国海洋湖沼学会海洋生物技术分会、中国海洋湖沼学会海岸带可持续发展分会、“未来地球海岸国际计划”首席国际项目办公室的依托单位。
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